Als weiterer Forschungsschwerpunkt steht die angeborene und adaptive Immunantwort gegen humanpathogene Pilze im Fokus unseres Interesses. Dabei analysieren wir die Interaktion von neutrophilen Granulozyten, Monozyten, Makrophagen, dendritischen Zellen, T Zellen, sowie Natürlichen Killerzellen mit unterschiedlichen Morphologien von Aspergillus fumigatus und weiteren Schimmelpilzen. Wir beabsichtigen über die Analyse von  so genannten Pathogen Recognition Receptors, Pathogen Associated Molecular Patterns und deren Signalwege mehr über die Pathophysiologie dieser Infektionen zu lernen und zu verstehen. Schliesslich suchen und charakterisieren wir genetische Marker, die signifikant mit dem Auftreten einer IA assoziiert sind und so u. U. zu einer genetischen Empfänglichkeit von Risikopatienten beitragen. Aktuell etablieren und evaluieren wir verschiedene neuartige Immuntherapien gegen invasive Schimmelpilzinfektionen (CAR T Zellen, CAR NK Zellen).

Weiterhin hat das Labor eine sehr umfassende Biobank mit klinischen Proben von Patienten mit dokumentierter IA, sowie eine der weltweit grössten Sammlungen von DNA aus Patienten mit IA etabliert. Unser Labor unterhält Kooperationen zu mehr als 30 Laboren weltweit und bearbeitet momentan Drittmittelprojekte in einer Höhe von mehr als 1,4 Millionen Euro.

Herr Prof. Löffler ist Autor bzw. Ko-Autor von über 200 Publikationen und hat die Dissertationen von über 70 Biologie / Medizin- Studenten (-innen) betreut.